依照操控對象的不同，潔凈室可分內工業潔凈室與生物潔凈室兩大類。工業潔凈室首要應用于電子、航天、航空、機械、能源等工業中，而生物潔凈 室首要應用于醫療、生物制藥、食物、化妝品等事業中。針對兩類潔凈室，潔凈室規劃也有不同。

凈化對象：

工業潔凈室的塵埃、粒子只有一次污染，而生物潔凈室的微生物、病菌等活的粒子不斷成長繁殖，會誘發二次污染。因而，在潔凈室規劃中，工藝潔凈室應側重于操控有害粒徑粒子濃度，而生物潔凈室須側重于操控微生物的產生、繁殖和傳播，一起操控其代謝物。

凈化措施：

在潔凈室規劃中，應為工業潔凈室側重規劃初中高三級過濾，而為生物潔凈室規劃時，首要側重于過濾和滅菌，消除微生物成長的條件，操控微生物的孽生、繁殖和切斷微生物的傳播途徑。

建筑規劃：

工業潔凈室首要操控對象是塵埃，因而潔凈室規劃時，所用的資料不產塵、不積塵、耐摩擦。生物潔凈室的首要操控對象是細菌，因而潔凈室規劃時，所有資料應耐水、耐腐、且不能提供微生物孽生繁殖條件。

檢測規劃：

潔凈室規劃時，應為工業潔凈室裝備粒子計數器，用于檢測瞬時塵埃粒子，而為生物潔凈室裝備培育皿，通過48小時培育，讀出菌落數量，而不能測瞬時值。

人流物流規劃：

潔凈室規劃時，須為生物潔凈室添加一道滅菌的進程，而工業潔凈室則不需求。在人、物品、空氣進入生物潔凈室之前，都要進行滅菌。而風淋室、潔凈服則是潔凈室必備的。